Из диалога выше было не понятно, как получаются данные на консоль, когда стоит перемычка между RX/TX ?
При наличии перемычки, все сторонние провода от RX/TX необходимо отключать, иначе возможны проблемы с переходом в safe-mode.
Автору рекомендация - перечислить проверенные аппаратные железки на странице проекта, а так-же сделать дефаултные прошивки для разных типов флеши. Ну или чётко написать, что в Free режиме работает только эта собранная прошивка (бинарник) и в конструктор лезть нечего. А то не понятно - проблема в новом железе, размере флеша, конкретном экземпляре или выбранных неправильно опциях.